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實驗技術交流

細胞劃痕實驗數據如何統計?我有神器imageJ

文字:[大][中][小] 手機頁面二維碼 2019/8/23     瀏覽次數:    

細胞劃痕實驗結束后,我們需要對細胞劃痕實驗數據統計分析處理。然而,面對細胞劃痕形態多樣的“愈合傷口”,你知道怎樣進行數據統計嗎?很顯然成片的細胞遷移和細胞計數方法,在這里不再適用。這時候我們需要借助神器imageJ軟件,實現的簡單高效的數據分析統計!(文末附imageJ軟件包)

在細胞劃痕后,細胞遷移的過程是這樣子的,如下圖:

細胞遷移動態圖

當我們人為的劃開一個“傷口”后,劃痕邊緣的細胞便努力遷移覆蓋中間的空白區域,使傷口愈合。然而遷移的形狀并不是規律的,通過細胞遷移會形成各異的形狀。因此,在統計劃痕實驗數據時,統計二維的面積是目前最常用最適合的方法。而imageJ軟件,在面積統計方面非常適合,對于劃痕實驗數據的統計利用imageJ即可輕松實現。


ImageJ的簡介
ImageJ是一個基于java的公共的圖像處理軟件,它是由National Institutes of Health(NIH)開發的一款功能強大的免費軟件,在生物及醫學圖像分析中起著非常重要的作用,除了進行細胞劃痕實驗分析,還可進行細胞計數,DNA電泳條帶和Western blot條帶灰度值分析,熒光圖片共定位分析等,受到高大上的期刊雜志普遍承認。

imageJ界面圖



如何利用imageJ來進行細胞劃痕數據統計?

1.導入圖片

File→open:打開要測量的細胞劃痕圖


2.轉換圖片格式Image→Type→8-bit(調成灰度圖片,此步驟非常重要,必須轉換)

Tips:ImageJ軟件的數據類型有:8位灰度或索引色,16位無符號整數,32位浮點和RGB色彩。由于許多操作是在灰色圖像上完成的,因此將圖片進行轉換是十分必要的,此處將圖片轉換成8-bit的目的是:將圖片調成灰色,加強圖像的對比度。


3.增強對比Process→Enhance Contrast

出現以下界面:
在Saturated pixels中輸入0.3%,勾選Normalize,點擊OK,效果如下圖:


4.加強平滑效果Process→Smooth


5.找到劃痕邊緣Process→FindEdges



6.調整閾值Image→Adjust→Threshold

然后在以下界面調整相關參數


Tips:
1. 調整閾值目的:將圖片轉換成灰度圖之后,通過設置閾值,使高于閾值的部分凸顯出來,方便軟件識別并計算其目的區域大小,或方便計數;
2. 綠框:設置Default為Red,即默認值為紅;
3. 紅框:適當調節綠框中的值使細胞的亮度更明顯

4. 隨后點擊Apply,效果如下:



7. 選擇目的區域
選擇魔棒工具,點擊黑色的劃痕部分(即細胞劃痕區域)得到黃色包圍的劃痕區,如下圖:


8.最終得到劃痕實驗結果Analyze→Measure


Tips: 紅色框內的數值即為測得的劃痕區面積值(面積值的單位是平方像素pixel2)

為了計算細胞遷移率,可選擇適當的時間點如6,12,24h后細胞圖片,再進行上述操作。如計算某細胞在0h和24h的遷移圖片,遷移率(或傷口愈合的百分比)即:24h遷移面積(0h的劃痕面積-24h的劃痕面積)與0h面積的比值。

簡單高效的細胞劃痕數據統計神器:imageJ下載(windows版)

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